К внедрению системы менеджмента качества ООО «Томскводоканал» приступило в конце 2011 года, с момента принятия решения о подготовке к сертификации в соответствии с требованиями международного стандарта ИСО (ISO) 9001:2008. Данная система предполагает внедрение механизмов, обеспечивающих эффективную работу предприятия, в том числе в области управления качеством оказываемых услуг.

В ноябре 2011 года руководящий состав компании прошел обучение по программе «Уполномоченный по качеству». В марте 2012 года на предприятии была утверждена и введена в действие «Политика в области качества». В рамках СМК разработано около 30 регламентирующих документов, позволяющих эффективно планировать, оптимизировать и реализовывать основные бизнес процессы компании. В ноябре того же года представители руководящего состава и структурных подразделений организации прошли обучение по программе «Внутренний аудит системы менеджмента качества».

В марте 2013 года ООО «Томскводоканал» успешно прошло сертификационный аудит  системы менеджмента качества на соответствие требованиям стандарта ISO 9001:2008. По его итогам, в конце апреля, СМК в области услуги по водоснабжению и водоотведению была зарегистрирована уполномоченной организацией NQA. Компании был выдан сертификат соответствия сроком на 3 года. В марте 2016 года предприятие успешно прошло ресертификационный аудит, который проводили эксперты российского подразделения Группы SGS. В марте 2017 года был пройден надзорный аудит.

С июля 2017 года Общество приступило к реализации мероприятий по управлению рисками, которые являются основой для перехода на новый международный стандарт ISO 9001:2015.  В 2018 году система менеджмента качества ООО "Томскводоканал" подтвердила соответствие этому сертификату.

Получение организацией подобного сертификата свидетельствует об изменениях организационной структуры компании, оптимизации процессов, улучшении работы персонала и повышении качества оказываемых услуг. В настоящее время система менеджмента в ООО «Томскводоканал» поддерживается и развивается в соответствии с принципами постоянного улучшения.